Müzenin kuruluş çalışmalarının başında yaklaşık 500 parçalık Bizans, Büyük Selçuklu, Anadolu Selçuklu uygarlıklarına ve Beylikler dönemine ait bir özel koleksiyon Kayseri Büyükşehir Belediyesi tarafından satın alınarak müzenin kalıcı envanteri oluşturulmuştur. Selçuklu Uygarlığı Müzesi küratoryal çalışması müze kurgusunda öne çıkan olaylar, durumlar ve yapılar belirlenerek konunun uzmanlarından oluşan bir ekip tarafından gerçekleştirilmiştir. Tarih müzelerindeki kronolojik yaklaşımın aksine müze tematik olarak kurgulanmıştır. Anadolu Selçuklu Dönemi uygarlığı müzenin temel aksını oluşturmuştur. Selçuklu dönemi sergilemesinde öne çıkan kentler, toplumsal yaşam, konut, gündelik yaşam aksesuarları, saraylar, bahçeler, ev ve mutfak gereçleri, sanat ve zanaatkarlık ile semboller olmuştur. Diğer taraftan müzenin yer aldığı tarihi yapının eski bir tıp medresesi olmasından dolayı dönemin tıp ve ecza bilimi ile medreseleri ayrıca müzede anlatılmıştır.